Pas toujours simple de s'y retrouver :
https://github.com/coreos/prometheus-operator
https://github.com/coreos/prometheus-operator/tree/master/contrib/kube-prometheus

La différence entre ces deux là est expliqué dans le README : https://github.com/coreos/prometheus-operator#prometheus-operator-vs-kube-prometheus

Ce qu'il faut retenir, c'est que si l'on veut une solution end-to-end de monitoring de son cluster, il faut utiliser kube-prometheus qui installe le prometheus operator et plein d'autres choses. D'après le Readme de kube prometheus, le projet s'utilise comme une lib qui permet de générer des manifests yaml qu'on va ensuite apply.

Le projet a aussi été packagé avec helm. Si on veut custom les manifests, ça a l'air plus facile à utiliser que le jsonnet de kube prometheus :
https://github.com/helm/charts/tree/master/stable/prometheus-operator