Après découverte de cette mauvaise surprise (plusieurs mois que je backup pas finalement :O) et après quelques investigations, voici l'explication :
Par mesure de sécurité, truecrypt ne met pas à jour les timestamp des fichiers .tc car ces informations sont considérées comme sensible et c'est compréhensible...
Si on veut protéger des données, on veut aussi protéger l'information qui permet de savoir à quel moment on les modifie.

Malheureusement les outils de backup (robocopy dans mon cas, oui c'est un backup que je lance depuis mon windows) se base souvent sur cette valeur pour déterminer si oui ou non le fichiers a été modifié (avec d'autres valeurs bien sur comme la taille..)
Mais la taille d'un conteneur truecrypt de bouge pas elle non plus... résultat pas de backup!

Deux solutions à ça :
1) désactiver dans les options de truecrypt cette protection
2) forcer explicitement dans les scripts de backup la copie du TC en question