Sur une debian wheezy, php va "nettoyer" régulièrement le dossier qui contient les fichiers de sessions grâce à un cron dans /etc/cron.d/

Toutes les 30 minutes il va vérifier qu'aucun fichier n'est plus vieux que le gc_maxlifetime (php.ini) qui par défaut est de 24 minutes.

24 minutes !! Ne vous étonnez pas si vous de restez pas connecté à vos applications même en ayant coché la petite case car avec ce comportement par défaut, si votre session n'est pas accédée dans un délai de 24 minutes, elle sera supprimée par le prochain passage du cron..